Aplikácia Messenger prišla s novou aktualizáciou pre iPhone 6 a 6S plus. Messenger začal podporovať 3D touch. Spustenie 3D touch je rovnaké ako pri ostatných aplikáciach, ktoré podporujú 3D touch, stačí podržať prst na ikone a otvorí sa okno s ponukou napísania novej správy, alebo napísať jednému z troch ľudí, s ktorými si najviac píšete.